留学日本通常需要准备以下公证书：
毕业证书公证：
需要毕业证书扫描件和学生身份证正反面扫描件。
成绩单公证：
需要成绩单扫描件和学生身份证正反面扫描件。
学位证公证：
如果适用，需要学位证扫描件和学生身份证正反面扫描件。
户口本公证：
整本户口本扫描件和学生身份证正反面扫描件。
亲属关系公证：
需要所有关系人的身份证、户口本或其他身份证明，以及户籍所在地的公安部门或人事档案部门出具的亲属关系证明。
预毕业证明公证：
如果适用，需要预毕业证明扫描件和学生身份证正反面扫描件。
此外，根据具体情况，可能还需要提供以下文件：
资金存款证明：证明有足够的经济能力支持留学生活。
语言能力证明：如JLPT、JTEST、NAT、JCERT、STBJ等考试成绩。
在留资格认证证明：证明有合法的在留资格。
健康检测报告：出国前14天的健康检查结果。
护照：有效的护照是必须的旅行文件。
印章：某些场合可能需要带有父母名字的印章。
请注意，具体所需文件可能因学校要求和入管局规定而有所不同，建议提前咨询目标学校或相关机构以获得最准确的信息。