日本留学生在打工时，税务的处理方式如下：
国税
国税通常由雇主在支付工资时代扣代缴。
税率根据居住时间不同而有所变化：
居住日本1年以上的人，工资一般要扣除总额的10%作为所得税。
居住日本不满1年的人或一次拿工资超过100万日元的人，要扣除20%的所得税。
地方税
除了国税，留学生还需缴纳地方税，如都道府县税或市乡村税等。
地方税的缴纳额根据所居住的市乡公所的纳税额基准来确定。
确定申告
留学生需要在每年的2月16日至3月15日之间，到所居住的税务署办理“确定申告”。
确定申告用于确认整个纳税年度内扣除必要费用后的总收入金额，并据此确定最终的税额。
如果最终确定的税额比已经支付的税额多，可以办理退税。
其他选项
留学生也可以选择什么也不做，一直让雇主代扣代缴，直到回国前再一次性申请返还之前交过的所有税金。
请注意，税务规定可能会有变动，建议咨询专业的税务顾问或日本当地税务机构以获得最新信息