根据提供的信息，留学日本申请护照需要准备以下材料：
1. 2寸近期免冠彩色照片2张，背景色以各地出入境管理处规定为准。
2. 本人户口簿（集体户口提交《常住人口登记表》）和居民身份证（或者临时身份证）原件及复印件。
3. 未满16周岁的居民还需携带监护人的居民身份证原件、监护关系证明材料（如户口簿、出生证等），并由监护人陪同前往办理。
4. 部队院校在读无军籍学员须提交无军籍证明，军人须提交军官证（或者离退休证）和部队《因私事出国（境）人员审查批件》原件。
5. 国家公职人员申办因私护照须由单位出具意见并盖章。
6. 填写完整的《中国公民因私出国申请审批表》一式二份。
7. 与出境事由相应的证明材料。
8. 经济能力证明，如银行存款证明等。
9. 如是公派留学，则需提交《公派留学人员申请护照登记表》。
10. 如之前被日本领馆拒签过，需提供拒签理由书原件。
请注意，护照申请的具体要求可能随时间和政策变化而有所不同，建议在准备材料前咨询当地的公安局出入境管理处获取最新信息。