初中保留学籍的方式主要有以下几种：
因病休学：
学生因身体原因或生理原因需要休学，必须有县级以上医院的诊断证明，并向学校办理休学手续，学校会保留其学籍。
因特殊原因休学：
学生因其他特殊原因无法继续上学，例如出国就读，需向学校提交相关证明资料，如签证等，并办理休学手续以保留学籍。
家长要求休学：
若学生不愿继续学业，家长可以向学校提出申请，经学校同意并报教育局批准后，学生可以休学并保留学籍，通常有一年的休学留籍期。
借读：
学生可以联系其他学校借读，并支付一定的借读费，但学籍仍保留在原学校。
停学：
学生因故中断学习，可以申请停学并保留学籍，停学期间学生不享受在校学生待遇，停学次数和时间由学校规定。
保留入学资格：
对于因特殊原因需要保留学籍的学生，如应征入伍等，学生可以申请保留入学资格，经过学校和相关主管部门审核批准后，可以保留学籍。
综上所述，初中保留学籍的方式主要包括因病休学、因特殊原因休学、家长要求休学、借读、停学以及保留入学资格。每种方式都有其具体的申请条件和程序，学生可以根据自身情况选择合适的方式进行申请。建议学生在申请保留学籍前，仔细阅读相关规定，并与学校或教育局进行充分沟通，以确保申请过程顺畅。