日本留学签证的办理流程通常包括以下几个步骤：
申请在留资格认定证明书
向日本学校提交入学申请资料。
学校同意接收后，准备材料递交至日本入管局申请“在留资格认定证明书”。
该证明书自签发之日起有效期为3个月，申请人需在有效期内向日本驻华使领馆申办签证。
办理护照
在获得在留资格认定证明书后，向当地公安局出入境管理处办理护照。
办理签证
向日本驻中国大使馆或领事馆出示在留资格认定证明书，并提出入国申请。
支付签证费用，并提交所需的申请材料，如签证申请表、留学调查表、护照原件、在留资格认定证明书原件及复印件等。
在留卡
入境日本后，可以在机场领取在留卡，或在入境后向市区町村役所申报居住地后邮寄至住处。
资格外活动许可 （如需要打工）：
入境后如需打工，可申请资格外活动许可，并在在留卡背面盖章。
住所登记
结束了在日本的活动后离境，或者中长期在留者去世，在留资格需要返还。
请注意，以上流程和步骤可能会根据具体情况有所变动，建议关注日本驻华大使馆或领事馆的最新通知和指南。