日本留学签证的代办费用因地区和机构而异，但一般来说，有以下几种情况：
日本国驻华大使馆所收取的签证办理手续费为200元。
如果委托代办机构办理，则一般另加收200元。
有些代办机构可能会收取更高的费用，例如700元左右，这可能包含交给领馆的200元手续费。
综合以上信息，可以得出以下结论：
如果通过日本国驻华大使馆办理，总费用为200元。
如果通过代办机构办理，总费用通常为400元（200元手续费 + 200元代办费）。
有些代办机构可能会收取更高的费用，如700元左右。
因此，建议在选择代办机构时，明确询问并确认具体的收费金额，以确保费用透明且合理。