查询日本签证进度的方法有以下几种：
通过使领馆官网查询
访问日本驻华使领馆的官方网站，按照网站提示输入申请编号、出生日期等相关信息，即可查询签证办理进度。
利用在线旅游平台查询
使用如飞猪等在线旅游平台，在平台上提交日本签证申请后，可以轻松查看签证的办理情况。
借助手机应用查询
通过专业的签证办理应用程序，如“领事电子申请中心（CAC）”等，随时随地通过手机查询签证进度。
通过旅行社代办查询
如果选择通过旅行社代办日本签证，旅行社通常会代为查询进度，申请人只需与旅行社联系即可。
通过电话或邮箱咨询
可以拨打日本领事馆提供的联系电话或发送电子邮件，询问签证办理进度。但通常情况下，领事馆不会告知具体的办理进度。
注意事项：
个人申请：如果是个人直接向使领馆递交申请材料，需要准确记住使领馆给予的申请编号等信息，然后按照使领馆官网的查询流程进行操作。
在线平台申请：在平台上申请日本签证，查询进度更为便捷，平台会自动记录申请信息，只需登录平台账号即可查看。
第三方服务：有些第三方签证查询服务提供商也可以帮助查询日本电子签证的信息，这些服务商通常提供更便捷的查询方式。
建议选择以上方法中最为便捷的方式进行查询，以确保能够及时了解签证办理的最新情况。