日本留学签证被拒签的主要原因可以归纳为以下几点：
材料作假
提供虚假的申请材料，如毕业证、成绩单等，一旦被发现，签证申请将会被拒绝，且再申请会变得非常困难。
语言能力与实际能力不符合
入国管理局要求申请人在申请时具备初级日语能力，必须出具日语能力水平考试证明。如果申请人的实际语言能力无法达到要求，签证申请可能会被拒绝。
经济支付能力受到质疑
申请人的经济能力是审查的重点，签证材料中所体现出的经费支付者的收入过低，不足以支付申请人在日本学习生活所需的费用，可能会导致签证申请被拒绝。
在留经历不良
申请人如果有被遣送回国、被命令回国的经历，或者过去有不良的在留记录，这些都会影响签证申请的结果。
隐瞒赴日经历
申请人如果过去被拒签过但没有合理说明，或者故意隐瞒赴日经历，也会导致签证申请被拒绝。
学习意愿不强烈，学习能力不足
申请人无法证明自己的日语能力，无法提供学时证明、等级证书等，或者学习动机不明确，都可能导致签证申请被拒绝。
提交虚假材料
在申请在留时，如果提交的材料不真实，如毕业证、成绩单、银行存款证明等，一旦被发现，将会被拒签。
经费支付问题
提交的经费支付类材料，如存款证明、收入证明等，如果不符合要求，或者无法证明有足够的支付能力，也会导致签证申请被拒绝。
年龄与学历不匹配
大龄低学历的留学生可能会因为年龄和学历不匹配而被特别关注，尤其是如果他们无法提供充分的日语能力证明和学习动机。
综上所述，要想提高日本留学签证的通过率，申请人需要确保所有申请材料的真实性，具备足够的日语能力，并且有充分的经费支付能力。此外，诚实和清晰地说明自己的留学动机和在留经历也非常重要。