商丘日本留学申请流程如下：
咨询报名：
学生首先需要咨询并报名，确认想要申请的大学或研究生院。
提交评估材料：
学生需要提交包括入学愿书、履历书、最终学历毕业证书、日本语学习历证明、在职证明书或在学证明书、照片等评估材料。
日本导师评估组评估：
经过日本导师评估组的评估，选定适合的研究生院。
签署协议：
学生选定研究生院后，需要签署相关协议。
提交申请材料：
学生需要提交包括成绩单、推荐信、研究计划书等大学院申请材料。
大学颁发录取通知书：
申请材料审核通过后，大学会颁发录取通知书。
申请在留资格认定证明书：
学生需要向日本入国管理局申请“居留资格认定证明书”。
申请签证：
凭“居留资格认定证明书”在日本驻中国大使馆申请签证。
赴日留学：
拿到签证后，学生可以订购飞机票赴日，并在学校报到后办理租房和外国人登录等手续。
建议学生在申请过程中提前准备好所有必需的材料，并注意不同大学的招生要求和申请截止日期，以确保申请过程顺利。