在日本留学读研可以免费的方式主要包括：
申请日本研究生预科
在国内申请日本大学的研究生预科，相当于修士前的旁听生阶段，主要与教授磨合，学习专业知识。
日本语言学校
在国内申请语言学校，拿到在留资格后赴日备考、参加修士考试。
语言学校提供日语课程，有助于提高日语水平，为考修士做准备。
日本研究生
在国内申请日本大学的研究生，相当于旁听生，没有学籍，但可上课、做研究。
研究生阶段学费相对低廉，半年一交。
直接申请日本大学院英文授课项目
国内直接申请日本大学开设的英文授课项目，不考察日语成绩。
赴日直接考修士
办理旅游签证赴日参加修士的考试，可以报考多所学校。
申请奖学金
日本政府和各大学提供奖学金给外籍留学生，如日本政府全额奖学金、日本文部科学省未来全球领袖拔尖大学（TOP GLOBAL UNIVERSITY）计划等。
参加日本大学院修士直考
通过旅游签证赴日参加修士直考，类似于国内的研究生考试，但学校之间考试时间错开，允许同时参加多所学校的考试。
以上途径中，申请研究生预科、日本研究生和直接申请英文授课项目通常不需要支付学费，但可能需要支付一定的手续费或中介费。而参加修士直考和申请奖学金则可以进一步降低留学成本。
需要注意的是，以上信息可能会随着时间和政策的变化而有所调整，建议申请者提前查询最新的留学政策和要求。