日本留学海关检查通常包括以下几个方面：
海关申报单
旅客需要如实填写海关申报单，包括是否携带有违禁物品、违法光盘以及是否携带超过规定数额的现金等。
行李检查
抽查行李以确认没有违反海关规定的物品，如超过限度的现金、违法光盘等。
对于肉类制品、水果、蔬菜等食品，可能因检疫规定而禁止携带入境。
证件检查
出示护照、在留资格认定书、入学许可证等重要证件材料。
在日本，这些文件是重要的身份证明，记录了在留发放机关、住址等信息。
其他检查
可能要求出示在留资格认定书和入学通知书以辅助检查。
面部拍照和指纹采集，这是根据日本新《出入境管理及难民认定法》的要求。
安全检查，包括随身行李过X光检查和通过安全门检查，以确保不携带危险物品。
托运行李额度
国际航班的托运行李额度通常为两件，每件不超过23千克（50磅）。
植物检疫证书
将植物带入日本时需要由出发国政府签发的植物检疫证书。
请确保遵守所有规定，以避免在海关遇到不必要的麻烦。