南开日本留学机构的收费情况如下：
总费用
总费用可能高达数万甚至十万以上。
申请费
申请费用一般在2000元至5000元之间。
中介费
日本留学中介服务费相对较低，一般在1万元人民币左右。
有些留学机构的日本留学费用大致在10万-20万之间。
签证费
签证费的具体金额未在提供的信息中明确说明。
学费
日本国公立大学的学费一年共计50万到60万日元，折合人民币3万多人民币一年。
日本私立大学的学费一年80万日元到150万日元之间，合人民币5万到10万之间。
医学专业或艺术类学科可能更贵。
生活费
住宿费：约人民币2200元/月，一年下来约2.3万元。
伙食费：约人民币1700元/月，一年下来约1.8万元。
水电煤气费：约人民币500元/月。
交通费：约人民币1万元/月。
其他费用：约人民币3800元/月，一年下来约4万元。
其他费用
包括日常生活用品、娱乐费用以及零花的费用等，一般每月约人民币3800元，一年下来约4万元。
建议
选择留学机构：建议选择有良好口碑和透明收费标准的留学机构，以确保费用的合理性和服务的质量。
详细咨询：在决定留学前，详细咨询各留学机构的收费标准，了解所有可能产生的费用，以便做好充分的预算和准备。
综合考虑：除了费用外，还需综合考虑学校的教学质量、专业设置、地理位置等因素，选择最适合自己的留学方案。