在日本留学时，印章的使用场景包括：
签收快递：
在日本，签收快递时通常需要使用印章。
办理银行卡：
办理银行卡时也需要使用印章。
手机卡：
办理手机卡时可能会用到印章。
申请书：
在提交学校申请书等文件时，需要使用印章。
学校考勤：
学校考勤时可能会用到印章。
办理手续：
在办理各种手续时，印章是必不可少的。
签合同：
在签订合同时，尤其是涉及车辆、房屋买卖、遗产继承等重要文件时，必须使用实印，因为实印具有法律效力，相关文件只有盖了实印，才能证明本人与合同内容产生关联，愿意承担相关的法律责任。
银行账目：
在银行办理账目或办理保险、证券时，需要使用银行印。
大额取款：
进行银行大额取款时，也需要使用银行印。
综上所述，印章在日本留学时非常重要，建议准备两个印章：一个用于日常用途（如签收快递、办理银行卡、手机卡、申请书、学校考勤、办理手续等），另一个为实印（用于签合同、办理银行贷款、土地房屋买卖、买车、成立公司等正式场合，需要到政府备案）。