留学生在日本办理签证的流程如下：
准备材料
有效的出国护照。
填写合格的日本签证申请表。
申请外交和官方签证还需提供由外交部、使、领馆或其它国际组织出具的申请书。
与签使馆预约签证面试时间，并整理和审核签证材料。
在与使馆约定的固定时间，亲自前往使馆或签证中心面签。
递交材料
在留资格认定证明书正本。
两份留学理由书（详细写明去日本学习的目的和学科）。
本人履历书（写明从小学至今的情况）。
誓约书（由日本大使馆发给，本人应签名或盖章）。
日本入境签证申请表（由日本驻华使馆发给）。
亲属关系表（由日本驻华使馆发给）。
经济能力证明（如银行存款证明、父母或监护人的收入证明等）。
申请流程
确定签证地点，一般是户口所在地所属的大使馆，如果在外地工作或上学，可在所在省份相应的日本驻华大使管办理。
确认递签材料，如护照、户口本、签证申请书、在留资格、担保人在职证明等。
递交材料给代办机构，由代办处提交相应材料。
做好接受电话调查的准备，电话要保持开机，熟悉各项材料内容。
领取签证
等待签证审批结果，一旦获得批准，会收到领取签证的通知。
建议
提前准备所有必要的材料，确保材料的真实性和完整性。
尽早预约签证面试时间，以免错过预约时间。
在准备材料时，可以咨询使馆或领事馆的工作人员，确保所有材料符合要求。
如果选择通过代办机构办理，选择有信誉的代办机构，确保材料的安全和顺利递交。