如果您在日本留学期间丢失了护照，可以按照以下步骤进行补办：
向中国驻日本大使馆申请补办
携带护照和签证的复印件，以及任何可能有助于身份验证的文件，如学校证明、银行开户证明等，前往中国驻日本大使馆申请挂失和补办新护照。
办理补办手续通常需要至少三个月的时间，您可以在这个期间内定期向大使馆询问办理进度。
补办在留卡 （如果适用）：
如果您丢失了在留卡，需要尽快到入国管理局申请补办。
补办在留卡通常免费，并且可以在申请当天或次日完成。
补办护照所需材料
遗失报告（由警察出具）。
原票记载事项证明书（由所在地区役所出具，3个月内有效）。
外国人登录证原件及复印件。
证件照2张（3×4cm，正面免冠半身证件照，背景彩色无黑白）。
详细写明丢失经过的书面说明。
填写《中华人民共和国护照/旅行证/海员证/回国证明申请表》。
注意事项
如果您知道登录号码，补办手续会比较容易。
如果您年龄在16岁或以上，通常需要在指定的时间内到指定地点领取新证。
在补办护照期间，如需使用护照，可以申办旅行证作为临时替代。
其他事项
如果您在国内丢失护照，需要通知移民局、学校，并向当地派出所报案，同时在当地市级以上出入境管理处指定的报纸登报丢失声明，然后到出入境管理处办理补办护照手续。
请确保在补办过程中遵循所有必要的步骤和规定，以免影响您的留学计划。