日本留学生归国的流程包括以下几个主要步骤：
学校相关手续
通知学校老师及指导老师，了解并办理离校手续，包括填写相关表格和提交必要的证明文件，如修了证明书、毕业证明书等。
宿舍相关手续
结清宿舍的房租、水电费和燃气费等，确保没有欠费。同时，需要将宿舍清理干净，避免因垃圾问题产生法律纠纷。
市役所相关手续
前往市役所办理转出登记（転出届け），这是住址变更的重要手续。如果之前加入了国民健康保险，也需要提前解约。
银行账户和手机卡
注销所有在日本使用的银行账户，特别是信用卡。同时，解约手机卡，避免因未注销手机卡而产生欠费或不良信用记录。
核酸检测
在回国前3天内，通过中国驻日领事馆官网指定的检测机构进行新冠病毒核酸检测，并获取双阴性检查证明。
防疫健康码国际
登录微信搜索“防疫健康码国际”，申报检测结果，一般12小时内健康码会审核通过并变绿。
购票和登机
提前预订机票，并在登机当天提前三个小时以上到达机场，以确保顺利登机。
海关和边检
携带相关证件（护照、签证、在留卡等）通过海关和边检，填写出境卡并出示健康证明。
行李准备
根据航空公司规定打包行李，确保所有必需品和允许携带的物品都已妥善打包。
其他注意事项
在日期间如果需要暂离日本，需要提前办理“再入国许可”。
确保在签证有效期内离开日本，并在有效期内再次进入日本，否则需要重新办理签证。
建议提前规划好每一步，确保所有手续和准备工作都按照要求完成，以便顺利回国。