同学在日本留学时，可以选择以下几种实用的礼物：
小零食或调味料：
由于日本饮食可能与当地有所不同，送一些他平时爱吃的小零食或调味料会非常实用。这些小物件不仅方便携带，还能帮助他更快地适应新环境。
精美的小袋包装茶叶：
茶叶是一种具有中国特色的礼品，既可以作为饮品，也可以送给老师或同学，非常受欢迎。
手机链、钥匙扣、打火机或装饰品：
这些小物件既实用又能作为纪念品，特别是具有中国特色的物品，如京剧脸谱、中国结等，可以表达思乡之情。
印章：
印章在日本非常实用，男女通用，是一个不错的选择。
数据线、手机壳：
这些物品在日本可能比较贵，送这些礼物会让他感到贴心。
蚕丝被：
蚕丝被非常实用，抽真空后不占地方，是一个很好的选择。
国内的中成药：
由于日本这边不容易买到，带一些中成药过来会非常有帮助。
银行卡：
找一张手续费低的储蓄卡和信用卡，这对他在日本的生活会有很大帮助。
特色食品：
如乐事薯片、酸辣海带结、肉脯等密封零食，这些食品在日本可能不容易买到，带一些过来会让你的朋友感到惊喜。
EMS快递服务：
如果需要寄送重要文件或物品，可以选择EMS快递服务。EMS的优势在于速度快，通常全国范围内到货时间为5-7天，但价格相对较高。
综合考虑，建议选择实用性强、体积小、重量轻的礼物，如小零食、调味料、茶叶、手机链等。如果需要寄送重要文件，可以选择EMS快递服务。