日本留学后，档案存档有以下几种方式：
留学服务中心
访问教育部留学服务中心的官方网站，进行在线申请。
审核通过后，获得调档通知单，并将档案通过机要或EMS快递至留学服务中心。
2024年起，留学生可以直接将档案从毕业学校转至留学服务中心，简化存档流程。
人才市场
将档案存放在户籍所在地的人才市场，手续简便且免费。
留学期间档案空白，不算工龄，但留学回国的同学可通过毕业证证明身份。
学校保管
应届生可以选择将档案存放在学校，通常保留一至两年。
优点是安全保证，学校管理诚信度高，手续方便。
缺点是留学时间超过学校保留期限后，档案可能会丢失。
其他注意事项
档案留校期间不能计算工龄，且不能开具涉及人事关系的证明。
档案存放在留学服务中心便于回国后进行学历认证、就业报道、转档或存档。
选择存档方式时，请考虑自己的具体情况和需求，以及存档方式的优势和劣势。