如果在日留学期间护照丢失，请按照以下步骤操作：
立即联系中国驻日领事馆
携带护照和签证的复印件，以及其他可能证明身份的文件，如警察署出具的证明书、登录原票记载事项证明书等，前往中国驻日领事馆申请挂失和补发新护照。
补办护照手续
在领事馆申请挂失后，通常需要等待三个月，之后可以电话询问办理情况。
补办护照手续完成后，根据通知到大使馆领取新护照。
补办旅行证
在补办护照期间，如需使用护照，可以申办旅行证作为临时替代。
遗失登记
遗失护照后，应尽快到居住地或丢失地附近的警察署或派出所办理遗失登记。
重新发行在留卡
在遗失护照的14天内，到居住地的市政府（町村政府）戸籍住民課的外国人登录窗办理登录证重新发行手续。
证印转记手续
补办护照后，需到地方出入境在留管理局办理“证印转记”手续。
携带必要文件
尽量携带能证明自己身份的材料，如之前旧的护照照片或扫描，打印出来带过去。
注意在留卡
在外出时，作为护照的替代，必须每天随身携带在留卡，并确保其安全。
请尽快采取行动，并按照上述步骤办理，以免影响您的留学生活。