日本留学生所指的“在留”是 在留资格评定证明书（简称“在留”），这是由日本入国管理局签发的允许入境的许可证。对于计划在日本长期居住或学习的外国人，包括留学生，都需要申请在留资格。在留资格证明书是办理签证的前提条件和必需材料，其有效期限一般为一年三个月，但根据具体情况可能会有所不同。
在留资格不仅适用于留学生，还适用于其他类型的长期停留，例如研修、技能、家族滞在等。在留卡是在留资格的实物卡片形式，上面会详细记录持有人的个人信息、在留资格类型以及在留期间等信息。
申请在留资格时，申请人需要向日本入国管理局提交一系列材料，包括学校同意接收的证明、个人简历、健康检查报告等，入管局会对这些材料进行审核，审核通过后将发放在留资格认定证明书，即所谓的“反签证”。
总结来说，日本留学生所指的“在留”是指 在留资格评定证明书，这是他们合法在日本居留和学习的必要文件。