日本留学过海关时，您需要携带以下主要文件：
护照：
作为您的身份证明文件，是入境和出境时必不可少的。
在留资格认定书：
证明您是以何种签证类型进入日本的文件。
入学许可书：
如果是学生，需要携带此文件以证明您的入学资格。
资格外活动许可申请书 （如有需要）：如果您计划在日本进行打工等“资格外活动”，则需要填写此申请。海关申报单：
在入境时需要填写，如实申报携带的物品，避免违禁品和超过免税额度的现金。
健康证明（针对出国一年以上的中国籍旅客）：部分情况下，您可能需要出示健康证明。
签证：
根据您的签证类型，可能还需要出示相应的签证文件。
出境卡：
在出境时填写，并出示护照以供检查。
请确保您的所有文件都是最新的，并且与您的申请情况相符。在过海关时，请遵循海关官员的指示，并如实回答任何问题。如果有任何疑问，可以请求中文服务帮助。