日本留学生回国的流程如下：
核酸检测
回国前需要在中国驻日领事馆官网上指定检测机构进行新冠病毒核酸检测，并提前预约检测时间。检测后需在3天内获得双阴性证明。
健康码申请
拿到核酸检测证明后，使用微信搜索“防疫健康码国际”并登录，申报检测结果，一般12小时内健康码会审核通过并变绿。
学校手续
提前向学校老师说明要回国，并填写相关离校表格，同时准备好修了证明书、毕业证明书等重要文件。
宿舍手续
结清宿舍的房租、水电费等，并确保垃圾清理干净，避免不法投弃。
市役所手续
办理转出登记（転出届け），并解约国民健康保险。
银行账户和手机卡
注销银行账户，尤其是信用卡，并解约手机卡，避免因未注销手机卡而产生欠费或不良信用记录。
其他手续
如果租借了图书、DVD等物品，务必归还。
再入国许可
如果留学生需要暂离日本后再次进入，必须提前办理再入国许可。
签证申请
根据个人情况和留学类型，前往日本大使馆或领事馆办理签证，或选择在国内的签证服务中心办理，需准备充分的申请材料。
登机准备
回国当天应提前三个小时以上到达机场，确保顺利登机。
建议提前规划好各项手续，确保所有材料齐全，以顺利完成回国流程。