如果遇到中介留学扣费的问题，可以采取以下步骤来处理：
与中介沟通
首先，应该与留学中介进行沟通，了解扣款的具体原因和依据。要求中介提供明确的解释和相关的证明材料。如果中介无法给出合理的解释或证明，可以进一步采取行动。
查看合同和协议
仔细查看与中介签订的合同和协议，确定是否有关于退费的条款。如果合同中有相关条款，可以按照合同规定的程序和要求，向中介提出退费申请，并提供必要的证明材料，如付款凭证、合同复印件等。
联系相关部门
如果与中介沟通无果，可以向相关部门进行投诉或举报。例如，如果是房屋中介，可以向当地房屋管理部门或消费者权益保护部门投诉；如果是招聘中介，可以向当地劳动保障部门或消费者权益保护部门投诉。
寻求法律援助
如果中介拒绝退费或拖延处理，可以寻求法律援助。可以咨询律师，了解自己的权益，并在必要时通过法律途径解决问题。如果费用不高，也可以考虑自己上庭起诉，争取自己的合法权益。
注意证据收集
在整个过程中，要注意收集和保存相关证据，如沟通记录、合同文本、付款凭证等，以便在需要时能够提供有力的证据支持自己的主张。
考虑协商和调解
在采取法律行动之前，也可以考虑与中介进行协商和调解，寻求更为妥善的解决方案。
通过以上步骤，可以有效地处理中介留学扣费的问题，保护自己的合法权益。