日本留学生申请疫苗的流程通常包括以下几个步骤：
了解接种要求
访问中国疾病预防控制中心官网或日本驻华大使馆网站，了解最新入境日本的疫苗接种要求。
准备材料
准备好个人身份证明（身份证、护照）、近期免冠照片及过往疫苗接种记录（如有）。
选择接种机构
前往当地出入境检验检疫局（现已并入上海关总署）、指定医院或国际旅行卫生保健中心进行接种和申请。
注意选择官方认证的机构，并非所有医院都能提供“小黄本”服务。
接种疫苗
根据需求接种指定疫苗，并保留好接种证明。
部分疫苗可能需要多剂次接种，请按医嘱完成全程接种。
申请证书
接种完成后，向工作人员提交相关材料，填写申请表格。
缴纳一定费用（具体金额根据地区和服务项目而定）。
等待审核并领取《疫苗接种或预防措施国际证书》。
预约接种 （如果适用）：
接收当地政府邮来的新冠病毒疫苗接种券后，在厚生劳动省的官网上查找住所周边的接种场所。
如果预约已满，可以预约东京等大型会场，但需注意不支持混打。
东京大型会场在线预约通常在每周一、周四的18点开放，预约时需准备必要信息。
注意事项
接种资格可能与年龄、健康状态、签证类型等相关。
疫苗接种通常需要提前预约，可以通过官方预约平台或特定渠道预约。
留意接种顺序，可能根据年龄、健康状况和职业等因素确定。
在接种前，可能需要填写健康调查表格，以确保符合接种的健康条件。
请根据最新的官方信息和指导进行操作，以确保流程顺利。