日本留学中， 最难申请的部分是签证申请。签证申请的要求非常严格，没有经验的人办理很容易造成拒签，一旦拒签，下一次申请会更加困难。因此，选择留学中介和确保所有材料的真实性是非常重要的。
此外，语言能力也是一大挑战。日本留学通常要求学生具备一定的日语水平，尤其是达到N1级别，或者托福成绩达到80分以上。对于专业申请，某些专业如金融专业由于需要较好的数学基础，申请难度较大，且竞争激烈。
总体而言，日本留学申请过程中，签证申请和专业选择的难度较大，建议提前做好准备，选择专业的留学机构和顾问，以确保申请过程的顺利进行。