日本留学回国需要办理的手续包括：
再入国手续
短期回国（如假期）：在离境前填写再入国用ED卡，并在“再入国出国记录”栏内的“视同再入国许可”前打钩，无需申请再入国许可。
长期回国（如一年及以上）：必须到日本入国管理局申请办理再入国许可，分为一次再入国许可和多次再入国许可，费用分别为3000日元和6000日元。
学校相关手续
向学校老师说明要回国，并礼貌地与指导老师打招呼。
填写相关离校表格，并携带修了证明书、毕业证明书等重要证明文件。
宿舍相关手续
结清宿舍的房租、水电费、燃气费等，确保没有欠费。
清理宿舍垃圾，避免不法投弃，否则可能构成犯罪。
市役所相关手续
办理转出登记（転出届け），否则可能影响后续在日本的工作或学习。
如果之前加入了国民健康保险，需要办理解约手续。
银行账户和手机卡解约
注销银行账户，特别是信用卡，避免因解约不及时而产生欠费或不良信用记录。
解约手机卡，因为日本手机号通常绑定银行卡。
其他手续
外国人登录证交还给市役所。
如果有打工经历，申请返税，先去当地税务局要单子，然后由公司和自己填写后提交给税务局。
购买免税车、落户、就业、子女上学等可能需要用到留学回国人员证明。
办理留学回国人员证明
所需材料包括护照复印件、毕（结）业证书、学位证书、进修或研究证明等材料的原件及复印件（日文）。
提交材料到中国驻日本大使馆教育处，办理时间为每周一和周四的09:00—12:00，14:00—18:00，其他时间不办理。
签证
如果需要再次进入日本，需要提前申请签证。可以通过日本驻华大使馆领事部或各地的总领事馆申请。
资格外活动许可
如果在日本打工，必须持有资格外活动许可证，否则将被视为非法劳务。
建议提前规划好各项手续，确保顺利回国并能够继续学业或工作。