到日本留学需要办理的证书主要有以下几种：
日语能力证书
日本语能力测试（JLPT）：这是全球普遍认可的日语证书，分为N1-N5五个级别。申请理工科类研究生至少需要达到N2水平，人文类研究生则需要N1水平。
英语能力证书
托福（TOEFL）：建议考取至少80分，目标是90分以上，部分学校和专业可能只认托福成绩。
雅思（IELTS）：也是一个被广泛接受的英语水平测试，适用于多种专业和学校。
托业（TOEIC）：评估英语听力和阅读能力，对于计划进入外资企业或日资公司工作的留学生，托业成绩是加分项。
毕业与学位证明
学历与学位：这是申请日本研究生的先决条件之一，务必确保顺利拿到相应学历与学位。
辅修学位证明
辅修第二学位：如果打算跨专业申请研究生，辅修相关领域的学位可以展示你的知识储备，提高申请成功率。
本科绩点（GPA）
GPA：这是教授判断学生学习潜力的重要依据，优秀的绩点有助于在留学、保研、评奖评优等方面占得优势。
其他专业资格证书
税理士：持有者可以代理或帮助纳税人依法履行纳税义务，考试难度较高，但持有该证书在财务和税务工作方面具有专业认可度。
宅地建物取引士：涉及不动产法、土地法、不动产交易等方面的知识，是从事房地产代理行业的必要证书。
行政书士：专门处理行政手续的法律职业证书，适用于需要制作和提供专业资料的工作。
在留资格认定证明书
在留资格认定证明书：这是日本法务省颁发的允许外国人入境的许可证，持有该证明书才能办理留学签证。
资格外活动许可证
资格外活动许可证：在日本留学期间如果需要打工，必须持有此许可证，否则会被判定为非法劳务。
建议根据个人专业和职业规划，选择相应的证书进行准备。一般来说，日语和英语能力证书是最基本且重要的，其他证书则根据个人兴趣和职业规划选择考取。