日本留学申请费的支付方式通常有以下几种：
银行汇款
通过银行柜台、网上银行或手机银行等方式进行国际汇款。
需要提供相关材料，如学费账单和学校银行账户信息。
填写正确的汇款用途和收款人信息。
支付平台
使用PayPal、Alipay和WeChat Pay等国际知名支付平台。
注册账户并绑定银行卡或信用卡，通过手机或电脑完成支付。
留学中介
通过留学中介进行申请和支付，提供一站式服务。
将所需款项交给中介，由他们代为办理汇款手续。
信用卡支付
使用双币信用卡，将人民币直接汇入学校指定的银行账户。
注意可能产生的国际交易手续费。
其他注意事项
确认所有费用构成，包括申请费、标准化考试费用等。
了解每种支付方式的流程和注意事项。
保留支付凭证和记录，如支付确认邮件、银行转账凭据等。
请根据个人情况和偏好选择合适的支付方式，并确保在支付时仔细核对所有信息，避免延误或丢失资金。