去日本留学的过境流程主要包括以下几个步骤：
入境审查
提交护照、入学许可证、在留资格认定书和入境卡。
入境审查通道分为外国人用通道和日本人及再入国外国人用通道，第一次到日本的要到外国人通道排队。
取托运行李
在行李导向牌上确认自己的航班的行李在几号传送带上，然后到指定地点领取托运行李。
填写入境申请表
在飞机即将着陆时，乘务员会为非转机乘客发外国人入境离境登记卡和海关申报表，可以提前填写以加快速度，也可以到达机场后填写。
申领在留卡
在入境处排队，提交填好的登记卡、护照、在留资格书和活动外资格许可书给工作人员，并登记指纹。如果不懂日语，可以依靠机场的中文担当或看其他乘客的操作并记下来。
出机场
办理完上述手续后，可以领取行李并入境。出机场时需要提交海关申报单，并出示护照和在留卡。如果携带的日元不足，可以在标有“两替”的地方进行货币兑换。
海关出境检查
如果有物品需要申报，请如实填写海关申报单，走红色通道办理海关手续。如果没有需要申报的物品，可以凭护照和机票进入绿色通道，办理登机和行李托运手续。
办理卫生检疫手续
出示健康证明（出国一年以上的中国籍旅客必须要出示）。
边防检查
提交有效护照、证件、前往国签证、出境登记卡及有关部门签发的出国证明（如资格认定书和入学通知书）。
安全检查
出示有效身份证件、飞机票、登机牌，走过金属探测器门，随身携带的物品需要通过X光机探测。
候机和登机
到达所在航班登机口处休息，准备登机。登机后，随身软包放入行李架，机上提供一顿免费正餐，饮料可随时要。
建议提前准备好所有必要的文件，并在出发前熟悉流程，以确保顺利入境。