日本留学签证被拒后，学费的退还情况通常取决于学校政策和具体情况。以下是一些可能的情况：
学校政策
一般情况下，学校会收取注册费，而其余的学费会全额退还。
退费通常会在一两个月内通过银行转账进行，但可能会扣除银行手续费。
个人原因
如果是因为个人原因（如不适合留学）取消入学，部分学校可能不会退还学费，尤其是入学检定料和入学金。
在某些情况下，如果学校确认收到学生返还的在留资格认定证明书及入学许可书原件后，可能会退还学费。
特殊情况
如果签证拒签是由于使领馆签发签证延缓等原因，导致在入学预定学期结束后提出取消入学，已过学期的学费可能不予退还。
退费比例
某些情况下，学校可能会按照一定比例（如20%至30%）扣除费用后退还剩余学费。
其他费用
报名费和签证办理的一些费用可能不会退还。
法律途径
如果学校不退还学费，可以尝试通过法律途径解决，例如咨询律师或寻求使领馆的帮助。
在处理这类问题时，建议仔细阅读与学校签订的合同或协议，了解具体的退费条款。如果有疑问，可以联系学校或留学中介寻求帮助。