留学生飞日本的流程如下：
事前准备
仔细阅读入国保证书，理解内容并签字后提交扫描件给学校。
学校会发申请签证所需的后续材料，如大使馆提交的誓约书及补充材料。
每天量体温，进行健康管理。
签证申请
通过签证代办机构办理签证申请，具体手续请询问当地代办机构。
拿到签证后及时联系材料对接老师汇报给所在学校。
购买机票
按照学校通知的指定日期购买机票。
国内出境
携带小行李（一般不超过10KG），托运行李每人2件，每件不超过23KG。
持登机牌和护照，进入国际出发通道，接受中国海关出境审查官的审查。
接受手提行李的安全检查和全身安全检查。
进入候机区和免税区（免税店）。
根据登机牌的提示，找到正确的登机口，核对航班号、目的地、登机时间、起飞时间。
自由休息，等待登机口值班职员的登机通知。
登机口开放后，携带手提行李，凭登机牌登机。
根据登机牌的提示，找到坐席号码，将手提行李放入头部上方的行李舱内。
飞行途中，空乘人员会发放飞机餐和《外国人出入境登记卡》及《关税申报单》，请在飞机着陆前填好。
日本入境
飞机到达日本着陆后，携带随身行李，根据机场的指示标识，前往入境审查通道。
向审查官出示护照、《在留资格认定证明书》、《外国人出入境登记卡》（《资格外许可申请书》打工证申请）。
接受审查官的询问、面部高清摄影、双手食指的指纹采集。
审查官在护照内加盖《上陆许可印纸》一枚，标注在留资格和在留期限。
后续事项
根据日本政府的最新政策，可能需要填写日本厚生劳动省的问卷调查，并在入境时提供相关信息。
如果需要，可以在机场进行核酸检测，并遵守相关的隔离规定。
入境后，需到住所所在地的市、区役所办理住址登陆手续和《在留卡》申请手续。
以上是留学生飞日本的基本流程，具体细节可能会根据最新的政策和机场规定有所变化，建议在出发前仔细查阅相关信息并遵守相关规定。