二战时期在日本留学的学生人数有所波动。在抗战前夕，中国在日本的留学生总数达到六千人。然而，随着七七事变的爆发和卢沟桥事变的枪声响起，大量留日学生开始返乡回国。到了1937年9月23日，国民政府旅日留学生监督处下令旅日学生全部撤回国内，此时仅剩下459人（不含伪满洲国的留学生）。
此外，太平洋战争爆发后，日本于1943年和1944年从东南亚占领区选拔了两期，共205名“南方特别留学生”。
综合以上信息，二战时期在日本留学的学生人数大致在 四千到六千五百人之间，具体数字可能因不同来源和时间点而有所差异。