日本留学生再入国申请需要遵循以下步骤和要求：
确认再入国资格
持有有效日本在留资格，例如留学签证。
在2020年4月3日之前离开日本，并持有有效再入国许可。
准备申请材料
护照原件，包括再入国许可。
在留资格卡原件。
再入国相关资料提交确认书。
入境日本前72小时内的PCR检测阴性报告。
印章登记证明（如有需要）。
申请方式
可以在日本入国管理局申请，需要提前预约并付费。
如果不在日本境内，可以在日本驻外使领馆申请，但可能需要更长时间。
注意事项
日本驻华大使馆不直接接受任何申请，需要通过指定的代办机构办理。
申请再入国许可通常需要至少提前一个月进行。
确认书无法在当天收到，且大使馆不会回答能否办理的问题。
手续费方面，一次性许可为3,000日元，多次许可为6,000日元。
请确保按照上述要求准备相应的材料，并通过正确的渠道进行申请。