关于日本留学中介费的退还问题，以下是一些关键点：
合同条款：
中介费的退还通常根据合同中的条款来决定。如果合同中有明确的退费条款，那么应按照合同执行。
特殊情况：
如果中介在申请过程中出现严重失误或疏漏，或者未能履行其承诺，学生可能有权要求全额退还中介费。
协商解决：
首先应尝试与中介协商解决问题。如果协商无效，可以考虑以下途径：
请求消费者协会或依法成立的其他调解组织进行调解。
如果涉及金额较大，可以考虑到人民法院提起民事诉讼。
法律依据：
根据《消费者权益保护法》，消费者和经营者发生争议时，可以通过协商和解、调解、投诉、举报等方式解决。
中介服务监理：
在签订中介服务合同前，可以考虑申请留学监理服务，以便在后期发生纠纷时得到更好的解决。
全额退款可能性：
在某些情况下，如果合同规定了在某些阶段可以终止合作并退还费用，但中介未能按照合同履行退费义务，学生可以要求全额退还中介费用。
消费者投诉：
如果中介拒绝退款，可以拨打12315进行消费者投诉。
请根据具体情况采取相应措施，并考虑咨询专业律师获取更具体的法律建议。