日本留学回国后需要办理的手续和文件主要包括以下几个方面：
学历和学位认证
需要对在日本获得的学历学位进行公证认证，以便在国内使用。这通常需要提供学位证书、毕业证书、研究证明等相关文件，并在中国驻日本大使馆进行领事认证。
在留卡和签证
在留卡是留学生在日本的重要身份证明文件，回国前需要确认其有效期，并在到期前办理续签或相关手续。同时，需要妥善保管在留卡，避免丢失或损坏。
房租、水电煤气费和手机费
需要结清在日本居住期间的房租、水电煤气费等费用，并确保没有欠费。此外，手机卡也需要解约，避免因未注销而产生不良信用记录。
学校相关手续
需要向学校老师报备回国行程，并填写相关的申请表格。一些学校可能还需要提供修了证明书、毕业证明书等证明文件。
市役所相关手续
需要前往市役所办理转出登记，类似于国内的住址变更手续。此外，如果之前加入了国民健康保险，也需要办理解约手续。
银行账户和信用卡
需要注销在日本开设的银行账户和信用卡，避免因未及时办理而产生不必要的费用或信用问题。
其他物品归还
如果在日本租借了图书、DVD等物品，需要确保归还，以免影响个人诚信记录。
行李准备
需要携带护照原件、在留卡、入学许可原件和资格外活动许可申请书原件等重要文件。建议尽量精简行李，避免超重，并了解航空公司的行李规定。
无犯罪记录证明
需要办理日本的无犯罪记录证明，并进行公证认证，以便在国内申请工作签证、永久居留权等。
其他可能需要的文件
根据个人情况和需求，可能还需要提供其他相关文件，如健康证明、语言能力证明等。
综上所述，日本留学回国后需要办理的手续和文件较多，建议提前规划并准备好所有必需的文件，以确保流程顺利进行。