日本留学生在支付房租时，主要涉及以下几种费用：
房租：
这是最主要的费用，通常是签订租赁合同时一次性支付一个月的租金，如果提前入住，可能需要按日支付剩余天数的租金以及下一个月的租金。
押金：
押金是租客预先支付给房东的金额，用于保证在租期内遵守租赁合同条款，如按时支付租金和保持房屋内部设施完好。押金通常相当于1至2个月的房租金额，在退房时，如果没有拖欠租金或房屋没有损坏，押金会全额返还，但可能会扣除一些费用如清洁费或维修费。
礼金：
礼金是租客一次性支付给房东的金额，通常为1至2个月的房租，作为对房东的感谢和租赁期间对房屋的照顾。与押金不同的是，礼金在退房时不会退还。
管理费：
管理费用于支付公寓或住宅的公共设施维护和管理费用，如电梯检查、公摊部分清扫、管理员工资、共用部分水电费等。管理费通常按月支付，有时也会包含在租金中。
共益费：
共益费是公寓居民共同承担的费用，包括楼梯、通道、公用厕所等公共设施的水电费、清扫费和管理费等。共益费通常也是按月支付。
中介费：
如果通过不动产公司租房，通常需要支付相当于一个月或半个月房租的中介费给房产公司。
火灾保险：
租客通常需要购买火灾保险，费用约为2万日元左右，以应对可能的火灾风险。
钥匙更换费：
为防止前住户配备相同的钥匙有偷盗犯罪的可能性，有时需要更换门锁并支付相关费用，费用根据锁的种类不同，通常在1万至2万日元之间。
连带保证人费用：
为防止有欠租或突发事件发生，日本租房一般需要保证人，留学生可以找在日定居的亲戚或担保公司担保，费用通常为一个月或半个月的房租。
综上所述，日本留学生在支付房租时，需要准备的费用包括房租、押金、礼金、管理费、共益费、中介费、火灾保险、钥匙更换费和连带保证人费用。建议留学生在签订租赁合同前，仔细阅读合同条款，了解各项费用的具体金额和支付方式，以确保自己的权益。