日本留学签证被拒，学费的退还情况会根据不同学校的规定有所差异。以下是一些可能的退还情况：
学费退还
如果是因为签证原因导致签证被拒，理论上学费应该可以全额退还。
部分学校可能会扣除一定比例的费用，例如5%左右，用于处理退款流程。
报名费与入学金
报名费和入学金通常不会退还，或者只退还部分。
入学检定料和入学金一般是不退还的。
其他费用
选考料、办理材料费、交通费等一般也不会退还。
特殊情况
如果学生有正当理由并且与学校沟通，部分学校可能会考虑退还部分或全部学费。
在某些情况下，如果学生在赴日前取消入学，学校可能会在收到相关文件后退还学费。
建议直接联系报名学校了解具体的退费政策和流程。