如果您在日本留学期间丢失了护照，可以按照以下步骤进行补办：
立即联系中国驻日本大使馆
向他们报告护照丢失，并询问补办护照的具体流程和所需材料。
获取遗失证明
前往最近的警察署报告遗失，并获取遗失证明。
准备补办材料
遗失报告
身份证明（身份证、户口本等）
证件照（3×4cm）
如有，登录原票记载事项证明书
如有，外国人登录证原件及复印件
填写《中华人民共和国护照/旅行证/海员证/回国证明申请表》
补办护照
根据大使馆的指示，提交补办材料并等待审批。
补办护照通常需要至少15个工作日。
补办在留卡 （如果适用）：
如果您还需要在留卡，也需要向入国管理局申请补办。
注意事项
在补办护照期间，如需使用护照，可以申办旅行证作为临时替代。
如果您在补办过程中需要使用护照，务必及时与大使馆沟通，了解临时身份证明的获取方式。
请确保在规定的期限内完成补办手续，以免影响您的留学计划或其他重要事务。
请根据最新的政策和流程进行操作，因为政策和流程可能会有更新。