东京留学费用较高的原因主要有以下几点：
政府补贴削减与运营压力
日本政府逐年减少对国公立大学的运营费补助，导致许多高校面临财政赤字。东京大学作为日本的旗舰学府，其运营成本相对较高，需要大量资金支持，包括维持尖端的科研设施和吸引全球顶尖的学术人才。
经济波动带来的能源成本增加
近年来，日本整体的能源价格大幅上涨，特别是水电费等基本运营成本的增加，对各大高校的财务状况造成了额外的压力。东京大学作为一所大型综合性大学，校内有众多的研究实验室和高能耗的科研设备，能源成本的上涨进一步加剧了其运营负担。
吸引国际优秀人才的需要
东京大学作为国际化程度较高的大学，为吸引更多优秀的国际学生和学者，提供了较高的奖学金和生活条件，这也使得留学成本进一步增加。
生活成本高
东京作为日本的政治、经济中心，其高昂的生活成本是众所周知的事实。不仅学费高，租房和生活费用也相对较高。例如，东京地区的语言学校学费约为85万日元/年，约合人民币4万元，租房费用则高达5万日元/月，年租金为2.8万元。
教育资源集中度
许多顶尖大学和知名企业都位于东京，这无疑增加了该地区的吸引力。这种资源集中度使得东京的留学成本相对较高。
综上所述，东京留学费用较高的原因主要包括政府补贴削减、能源成本上涨、吸引国际人才的需要、高昂的生活成本以及教育资源的高度集中。这些因素共同作用，使得东京的留学费用显著高于其他地区。