日本留学生的纳税申报流程如下：
确定申报时间
申报时间为每年的2月16日至3月15日之间。
申报方式
确定申报：纳税人需正确清算自身的收入后作出申告纳税的制度。具体步骤包括到税务署拿所得税的确定申告书，记入必要事项后再提交。第一次申告的人或不清楚记入方法的人，税务署的工作人员会给予指导。需要携带源泉征收票（由支付工资的地方发给）。
网上申报：在税务署的官方网站上有专门的页面，只需填几个地方，表格会自动计算好，打印出来和源泉征收证及相关证明单据一起寄到税务署。需要附上回邮信封和邮票。
所需文件
公司开的“源泉征收证”。
国民健康保险和其他保险的缴费单。
印章和银行存折本（如果记得账号则不需要带）。
申报流程
到税务署拿所得税的确定申告书，记入必要事项后再提交。
税务署工作人员会指导如何填写申报表，如果有不清楚的地方可以询问。
填写源泉征收票并带到税务署进行商量。
注意事项
国税是以年间总收入为基准向国家缴纳所得税，每次支付时会从工资扣除，但以1年之间领取的总收入额来确定最后的税额。
如果缴的税金多，可以申请退还（还付）。
建议：
第一次申报或不清楚具体流程的留学生，建议直接到税务署咨询，以确保流程顺利进行。
熟悉网上申报流程后，可以选择网上申报，这样更加方便快捷。