留学中介作为提供留学咨询、申请协助等服务的企业，其纳税方式主要涉及以下几个方面：
营业税
留学中介应缴纳营业税，税率为收入总额的5%。
城市维护建设税
根据所缴纳的营业税金额，按照市区7%、县城5%、其他1%的税率缴纳城市维护建设税。
教育费附加
按照所缴纳的营业税金额的3%缴纳教育费附加。
企业所得税
按照利润总额的25%缴纳企业所得税，在汇算清缴时进行纳税调整。
综上所述，留学中介的纳税方式包括缴纳营业税、城市维护建设税、教育费附加以及企业所得税。具体的税率和计算方法如上所述。建议留学中介在运营过程中，确保合规操作，及时完成各项税款的申报和缴纳，以降低税务风险。