申请日本留学签证的流程通常包括以下几个步骤：
准备材料
有效的中国护照。
在留资格认定证明书正本。
留学理由书。
履历书。
签证申请表。
亲属关系表。
最高学历毕业证书。
入学通知书。
身元保证书（包括经济担保人的纳税证明）。
5张免冠近照及护照。
递交材料
将准备好的材料递交至日本大使馆或领事馆。
等待审核
材料递交后，等待日本驻华使领馆进行审核。
缴纳费用
审核通过后，需要向日本使领馆缴纳签证费用。
领取签证
审核通过后，申请人可以领取签证。
请注意，以上流程和所需材料可能会根据具体情况有所变化，建议直接咨询最近的日本大使馆或领事馆获取最新信息。
另外，有些情况下，可以通过旅行社来申请签证，流程大致如下：
准备材料
按照旅行社的要求准备相应的材料。
递交材料
将材料递交至旅行社。
旅行社审核
旅行社对材料进行审核。
递交使馆
旅行社将材料递交至日本大使馆。
等待出签
等待日本大使馆审核并发放签证。
领取签证
出签后，申请人可以自取或通过快递（如顺丰）寄回护照。
请根据个人情况和偏好选择合适的申请方式。