日本留学最难毕业的学校和专业可能因个人情况和学校政策而异，但根据现有信息，可以得出以下结论：
国际教养大学：
位于东北地区秋田县的公立大学，其课程内容具有很高的挑战性，毕业条件严苛，平均毕业率仅为41.5%。该大学所有课程均为英语授课，学生在校内生活也几乎完全使用英语交流，并且至少需要一年的海外留学经验才能毕业。
某些外语系学部：
从学部留年率来看，日本最难毕业的大学前三名都是外语系的学部，特别是前两名的留年率超过了60%。这表明外语系的学业难度较大，考试难度高，且需要大量背诵内容。
京都大学：
虽然以自由的学风闻名，但京都大学的毕业平均需要144学分，相比之下，大阪大学的毕业平均学分是130学分。这意味着京大的学生需要多上7门课才能毕业。
博士阶段：
日本的博士阶段相对较难毕业，需要修够足够的学分、写出合格的论文并通过答辩。没有写出合格的论文是肯定不能毕业的。
建议
选择学校和专业：在选择留学学校和专业时，建议充分了解各学校的毕业率和课程难度，选择适合自己能力和兴趣的学校。
提前规划：制定详细的学习计划，确保在规定时间内修满所需学分，并提前准备论文和答辩。
语言能力：对于英语授课的学校，提前提高英语水平，确保能够应对全英文的课程和生活环境。
寻求帮助：在留学过程中，积极寻求导师和同学的帮助，充分利用学校提供的资源和支持。
这些信息可以帮助你更好地了解日本留学的难度，并为你的留学规划提供参考。