南京人选择去日本留学的原因主要有以下几点：
教育水平高：
日本的高等教育水平在全球范围内非常有名，许多日本大学在排名中名列前茅。日本拥有多所世界知名的大学，如东京大学、京都大学、大阪大学等，这些学校在科研水平、教学质量等方面都处于世界前列。
学术资源丰富：
在日本，无论是大学还是研究生院，都拥有世界一流的师资力量和科研设施，为学生提供了广阔的学习平台和丰富的学术资源。学科门类齐全，课程设置丰富多样，能满足不同学生的需求。
留学费用相对较低：
与欧美国家的高额学费相比，日本的学费较为合理。日本的国立大学有90%的留学生可以享受全免学费的待遇，公立大学也有50%的比例可以享受全免。私立大学学费相对稍高，但整体上仍低于欧美院校。生活费用也相对可控，留学生可以通过合法打工来补贴生活费用。
文化相近：
日本的文化源于中国，文字和中国的汉字有许多相通之处，这使得中国学生学习日语具有天然的优势，也更容易学会、学好，在语言学习方面的压力相对较小。
生活习惯差异不大：
在生活习惯和思维方式上，日本与中国有一定的相似性，比如大家都是吃大米、用筷子的，这使得留学生能够更快地适应日本的生活和学习环境。
现实原因：
当时又有公费留学生名额，所以很多人选择去日本去留学，学习日本改革经验，希望回国后能够帮助国家。另一层原因是由于日本距离中国近，不像欧美其他国家需要远渡重洋。而且东京的物价比上海的便宜，很多去不了欧美国家的留学生就选择去日本了。
综上所述，南京人选择去日本留学主要是因为日本的教育质量高、学术资源丰富、留学费用相对较低、文化相近以及生活习惯差异不大等因素。这些因素共同作用，使得日本成为南京学生留学的一个热门选择。