日本留学申请费的交费方式通常有以下几种：
银行汇款
学生可以通过学校的官网找到指定的银行账户，将申请费汇至该账户。
汇款后，应保存好汇款凭证，因为在日本报道入学时需要用到。
微信支付
部分学校支持通过微信支付的境外支付功能，可以直接使用人民币向学校指定账户付款。
信用卡支付
学生可以使用带有双币种的信用卡，将申请费直接汇入学校的财务账户。
注意可能产生的国际交易手续费。
其他支付方式
如PayPal等第三方支付平台，但可能涉及额外的手续费。
在交费时，请确保了解并遵循目标学校的具体指引，以及注意各种支付方式可能产生的费用和流程细节。完成支付后，务必保留所有支付凭证和记录，以备不时之需