日本留学生回国需要办理的流程主要包括：
在留卡和签证处理
确保在留卡有效期足够，如有需要，提前到入管局更新。
如果签证类型为留学签证，需要办理再入国许可。
机票预订
提前预订机票，注意航班时间和价格，以及是否需要额外购买行李额。
核酸检测
根据中国驻日领事馆官网指定的检测机构进行预约，并按照规定时间完成核酸检测。
健康证明
出示健康证明，特别是出国一年以上的中国籍旅客。
行李打包
根据航班要求打包行李，注意不要超重。
海关和边防检查
准备好护照、机票、在留卡等必要文件，通过海关和边防检查。
购买免税商品 （如有需要）：
如果有购买免税商品，记得在机场办理相关的退税手续。
办理留学回国人员证明
可以通过邮寄或委托他人办理，该证明在回国后可能用于学历认证、购买免税车、落户、就业、子女上学等。
其他注意事项
在离开日本前，确保电话和网络服务已经解约。
如果在日本有租房，需要办理退房手续，包括水电煤气等账户的解约。
请根据个人情况和回国日期，提前规划并准备相应的材料和手续。如果有任何疑问，可以咨询中国驻日领事馆或相关教育机构获取最新信息