有中介留学护照的办理流程如下：
材料准备
通用资料：旧护照、照片、身份证等个人基本资料；与中介签订的留学服务合同、收据；中介的营业执照；日本学校的面试合格书/录取通知书或在留资格认定书等日方接收申请人类的资料；日本学校的汇款单或者缴费凭证；非本地居民的，还要同时提交居住证/暂住证。
个人材料：赴日理由说明；赴日就读学校的资料册；往年的赴日/出国经历；对于年龄较大的申请者，提交毕业证、学位证和资金等证明；有日语学习经历或者证书的申请者，也可补充提交。
出入境受理
提交材料：将准备好的材料提交给出入境管理中心，有些申请者可能需要多次提交材料才能备齐。
受理与审批：资料一旦受理，基本上就是有希望了。审批时间一般为七个工作日左右，但可能会因人多而延长。
领取护照
领取方式：护照办好后，可以自己去办理地点拿，也可以申请邮寄服务，但需要额外支付邮寄费用。
注意事项
护照是个人重要私人证件，在归还前最好不要随意将其交给他人。如果中介扣押护照，可以采取以下措施：
与中介协商交涉，要求其归还护照。
如果中介仍然不归还，可以报警处理。
建议：
提前准备好所有必需的材料，确保材料的真实性和完整性。
留意出入境管理中心的受理时间和审批流程，合理安排时间。
如果选择通过中介办理，务必选择正规、有信誉的中介机构，避免因中介问题导致护照丢失或扣押。