日本留学签证到期后的处理方式主要有以下几种：
续签
学部续签：如果是在读学部，可以通过就读的专门学校来续签签证。
大学院续签：如果是在读大学院，可以申请科目履修生或研究生继续学习，以此续签签证。
变更签证类型
短期滞在签证：可以通过所在大学的教授出具书面材料，证明准备参加大学院考试，以此申请短期滞在签证。另外，如果由某家公司出具面试通知的材料，也可以以就职面试为由申请短期滞在签证。
更新留学签证
研究生入学：如果已经大学毕业，可以先办理研究生入学手续，然后更新留学签证，之后再根据工作情况变更成就职签证。
其他居留资格变更
工作签证：如果取得一定的科研成果并获得录用单位的审议认可，可以申请工作签证，从而改变居留资格。
续签流程
准备材料
提供由校方签发的在学证明或录取通知书。
提供申请延签之前一学期的出席率或成绩单的证明，以及保证人证明。
填写申请表格和申请理由书。
提供资金证明，证明生活来源。
提交申请
前往当地入国管理局提交上述材料，并等待审查结果。
审查与领证
审查通过后，会收到入国管理局寄来的明信片，携带明信片和证件前往入国管理局领取新的在留卡。
建议
提前规划：在签证到期前，提前了解并准备好续签所需的所有材料，以确保流程顺利进行。
咨询学校：如果所在学校提供续签服务，可以咨询学校相关部门获取具体帮助。
注意时间：在签证到期前2个月开始准备续签手续，以免因材料准备不足而延误。
以上信息提供了多种续签方式和流程，可以根据自身情况选择最适合自己的方法。