要查询日本在留资格证，可以采取以下几种方法：
前往移民厅或出入境管理部门查询
携带有效的在留卡和护照等证件。
前往移民厅或其所属的出入境管理部门，前往前台提交在留资格进度查询的申请。
等待1-2个工作日，审核通过后领取查询结果。
通过电话查询
拨打日本入国管理局的电话，提供申请时收到的号码进行查询。
可以参考日本入国管理局的官方网站获取所在地区的电话号码。
通过学校或中介机构查询
可以向申请在留资格的学校或委托的代理人查询申请进度。
委托的中介机构也可以提供查询服务。
建议选择以上方法之一进行查询，以确保信息的准确性和及时性。