日本留学保证金的取出通常有以下几种方式：
开具存款证明后解冻
在银行开具存款证明时，保证金会被冻结。
存款证明有时效性，到期后，存款会自动解冻，届时可以取出资金。
直接使用日本银行卡取现
如果在日本有银行卡，可以在ATM机上直接取现。
部分银行可能提供免手续费的优惠，或者对每月前几笔取现免手续费。
通过银行解冻存款
如果银行开具了多份存款证明，提交所有存款证明的原件，可以去银行解冻存款，进而取出资金。
在留资格申请通过后取出
在留资格申请期间，保证金需保持冻结状态。
一旦日本入国管理局审核通过申请者的在留资格申请，保证金就可以被取出。
请注意，在办理留学保证金的过程中，应确保所有操作符合日本入国管理局的要求，并且及时关注存款证明的有效期和冻结期限。如果有任何疑问，建议咨询专业的留学顾问或银行工作人员